В 2000 году предприниматель из Санкт-Петербурга Александр Викторович Челюскин и его жена Дарья Глебовна Богомолова, ныне оба покойные, пожелали пожертвовать деньги на восстановление храма Святой Троицы.
Новый позолоченный крест уже был установлен на храм 02 сентября 2001 г.
С лета 2002 г., по благословению архиепископа (ныне митрополита) Новгородского и Старорусского Льва, иерей Владимир Константинов, настоятель храма Успения Божией Матери пос. Любытино, стал совершать регулярные богослужения в храме, при продолжении восстановительных работ.
08 сентября 2002 г. архиепископ Новгородский и Старорусский Лев в сослужении духовенства Новгородской епархии совершил торжественное освящение летнего храма Святой Троицы и его престола. 16 ноября 2003 г. совершил праздничную службу, посвященную 400-летию памяти преподобного Никандра Городноезерского.
Меньше чем за три года храм был отреставрирован, заново отстроена колокольня.
08 сентября 2006 г. архиепископ Новгородский и Старорусский Лев в сослужении духовенства Новгородской епархии освятил трапезный храм и правый его придел в честь мц. Дарии Римской.
06 июля 2012 года за Божественной Литургией епископом Боровичским и Пестовским Ефремом совершено освящение престола во имя св. прп. Никандра Городноезерского в левом приделе трапезного теплого храма.
16 декабря 2012 года, накануне дня памяти святой великомученицы Варвары и мученицы Иулиании, и новомучениц Екатерины (Арской) и Киры (Оболенской), Преосвященнейший Ефрем, епископ Боровичский и Пестовский, после вечернего богослужения в Боровичском Свято-Духовом монастыре совершил постриг в малую схиму подвизающихся при храме Святой Троицы с. Никандрово первых насельниц восстанавливаемой обители: монахини Варвары (Колосовой), монахини Екатерины (Соловьевой) и монахини Киры (Алексеевой).
31 марта и 27 сентября 2013 года иеромонахом Моисеем, наместником Свято-Духова монастыря, был совершен постриг в малую схиму монахини Дарии (Отеевой) и монахини Евфимии (Васильевой).
28 марта 2014 года в день памяти прп. Никандра Городноезерского Преосвященнейший Ефрем, епископ Боровичский и Пестовский во время Божественной литургии, в Свято-Троице Никандровом женском монастыре, совершил постриг в малую схиму: монахини Александры (Алексеевой), монахини Клавдии (Маврушичевой), монахини Матроны (Грудиной) и монахини Феофании (Астаховой).
16 Сентября 2015года в день памяти Сщмч. Анфима, еп.Никомидийского, Мц.Василиссы Никомидийской Преосвященнейший Ефрем, епископ Боровичский и Пестовский в Свято — Троице Никандровом женском монастыре, совершил постриг в малую схиму: монахини Василиссы (Семеновой)
1 Марта 2016 года в день памяти Феодора Тирона. Духовником Свято – Казанского женского монастыря с. Папоротка архимандритом Кириллом (Титовым) (Тульская митрополия). В Свято — Троице Никандровом женском монастыре, был совершен постриг в малую схиму: монахинь Антонины (Кобзевой) и Евдокии (Паньковой).